Įkurtas 1962 m., FK „Minija“ yra vienas seniausių ir labiausiai gerbiamų futbolo klubų vakarų Lietuvoje. Klubas greitai iškilo nacionaliniu mastu, o didžiausią sėkmę pasiekė 1964 m., užimdamas trečiąją vietą Lietuvos A klasėje ir laimėdamas Lietuvos futbolo taurę – reikšmingiausią trofėjų klubo istorijoje.

Tačiau futbolas Kretingoje gyvuoja dar anksčiau, vietos komandos veikė nuo XX a. 3-iojo dešimtmečio. Lietuvai atgavus nepriklausomybę, FK „Minija“ išgyveno sudėtingą laikotarpį, įskaitant trumpą pasirodymą aukščiausiame divizione 1993 m., po kurio sekė finansiniai sunkumai ir iškritimas. 2016 m. klubas buvo likviduotas dėl bankroto.

2017 m. atkurtas kaip VšĮ „Kretingos Minija“, klubas pradėjo naują skyrių, iš naujo sutelkdamas dėmesį į jaunimo ugdymą, vietos talentus ir konkurencingą augimą. Nuo tada FK „Minija“ grįžo į LFF Pirmąją lygą, nuolat atkurdamas savo tapatybę ir siekdamas ilgalaikio tvarumo bei sėkmės. Klubas namų rungtynes žaidžia Kretingos miesto stadione ir išlieka didžiuotis futbolo tradicijų ir bendruomeniškumo simboliu regione.